キッコーマングループは製造工程から発生するしょうゆ粕、しょうゆ油、おから、搾汁残さなどの副産物や、汚泥、廃プラスチックなどの廃棄物の排出量を抑制するために、生産量の適正化、各種材料の削減、工程歩留まりの改善に努めるとともに、廃棄物、副産物の更なる有効活用を目指しています。
しょうゆ粕の利用
しょうゆ粕は、しょうゆ諸味を圧搾して生揚げしょうゆ（もろみを圧搾して得られた液体）を搾り出した後の残さです。原料である大豆と小麦本来の栄養成分や醸造の過程で生成された機能性成分を多く含み、利用価値の高い副産物です。
古くから栄養分が豊富で安全性な飼料として利用されていましたが、1989年には、水分が少ない割に脂肪分が多いという特徴を活かして、カーボンニュートラルなボイラー燃料としても利用されはじめ、さらには、多く含まれる粗繊維を活用して、環境にやさしく和紙の風格を持つ非木材紙の原料としても使われました。
近年は、食品リサイクル法の再生利用法の優先順位に従い、しょうゆ粕の飼料化を積極的に推進しています。2004年には、基礎成分および機能性成分である脂溶性ビタミン（E、K1）とイソフラボンについて、他製品との比較分析を行い、「しょうゆ粕飼料」の長所を利用者に広く浸透させました。これまで、乾燥しない「しょうゆ粕」は主として畜産農家向きに販売していましたが、2006年に「しょうゆ粕乾燥機」を導入し、「しょうゆ粕」を配合飼料の原料として利用しやすい乾燥状態にして、飼料会社に販路を拡大しました。さらに2007年には「しょうゆ粕詰機」を増設して供給体制の整備に努め、「しょうゆ粕」100％飼料化の道が開かれました。
しょうゆ油の利用
しょうゆ油は、しょうゆ原料となる丸大豆に含まれる多量の油脂が、もろみ圧搾後に誕生する生揚げしょうゆ（もろみを圧搾して得られた液体）の上に、油として浮かんでくるものです。成分は、リノール酸、オレイン酸が主体となる脂肪酸組成では大豆油に近いのですが、醸造過程を経たしょうゆ油の油脂組成については、遊離脂肪酸15％、脂肪酸エチルエステル59％となり、トリグリセリドが主体である大豆油と異なっています。
野田では、江戸時代からしょうゆ油を抽出する「醤油粕御試油製法所」が設立され、燈油として売りだされていました。20世紀初頭石鹸原料としての利用が始まり、しょうゆ油の自然分離法が採用された1925年からは、石鹸原料のほか、工業での切削油としても市場が拡大しました。1994年になるとカーボンニュートラルなボイラー燃料としての利用も開始されました。そして、1997年、養殖魚用の飼料としての用途が開発されました。これは、それまで養殖用に使用されていた「いわし油」の代替品であり、かつ、魚病細菌に対する抗菌活性、酸化抑制作用、魚油の代替油としての有効性・安全性が認められたものです。この成果は、製造副産物（しょうゆ油）を食物連鎖に組み入れた環境配慮の技術として「2003年度経済産業省産業技術環境局長賞」を受賞しました。
トマトの皮の利用
トマトジュースの製造過程などで除去されたトマト果皮は、牛の飼料などに利用されてきました。2002年、キッコーマンは、一連の副産物有効活用研究の中で発見したトマト果皮に含まれる抗アレルギー活性を日本薬学学会で発表、さらに未病医学研究センターと共同研究で抗アレルギー機能を確認した上で、日本デルモンテと共同で“トマトのちから”という健康食品が開発されています。
ブドウの種の利用
ワイン製造で発生する搾り粕や醸造過程での醸造残さは、専門業者に委託し肥料にしてきました。近年キッコーマンは、ブドウの種子に含まれるポリフェノール（プロアントシアニジン）に強い抗酸化力、活性酸素消去力をもつことを解明していましたが、マンズワインと共同で、ブドウの種子からプロアントシアニジンを抽出する独自の技術（1999年度日本農芸化学会技術賞受賞）を開発し、ブドウポリフェノール含有の各種健康食品を製品化しています。
おからの利用
フードケミファでは、豆乳製造で発生する生おからは、一部を専門業者に委託して肥料にしてきました。現在では、圧搾工程から排出されるおからの100％を直後に乾燥させ、大豆の健康効能を保持したパウダー（商品名「おからパウダー」）として、食品原料や肥料・飼料の原料として活用しています。
