JASでは製造方式によってもしょうゆを分類しています。「本醸造」「混合醸造」「混合」などの各方式がありますが 、しょうゆの8割は本醸造方式です。これらの製造方式はラベルに表示されていますので、すぐ見分けることができますよ。

原料となる大豆や小麦を、麹菌や酵母など微生物の力によって、 長期にわたり発酵・熟成させたもの。
つまり、タンパク質を分解して種々のアミノ酸に変える工程を、すべて麹菌がつくる酵素の働きでおこなっています。本醸造でつくられたしょうゆは色や味、香りすべてにおいてバランスのとれたよいしょうゆといえます。

みそと清酒、しょうゆはいずれも麹菌を利用してつくられますが、原料のすべてを麹にして仕込むのは豆みそとしょうゆだけです。

混合醸造は、諸味（もろみ）にアミノ酸液（または酵素分解調味液、または発酵分解調味液）を加え、熟成させる方式です。

タンパク質は、微生物の力ではなく化学処理によっても分解できます。大豆など高タンパク原料に濃塩酸を加え、加水分解してつくったものをアミノ酸液といいます。また濃塩酸のかわりにタンパク質分解酵素を用いたものを酵素分解調味液とよび、小麦グルテンを発酵、分解したものを発酵分解調味液とよびます。

生揚げ（きあげ）しょうゆに、アミノ酸液（または酵素分解調味液、または発酵分解調味液）を直接混ぜ合わせただけのものが混合方式です。本醸造しょうゆのように長期の醸造を必要としないため安価にできます。