蒸した大豆と炒って砕いた小麦を混ぜ合わせ、麹菌「キッコーマン菌」を加えます。これがしょうゆ麹のもとになります 。これを、しょうゆ麹をつくる部屋「製麹室（せいきくしつ）」に運びます。

麹菌を加えた大豆と小麦を、製麹室で円盤状の台の上に、均等の厚さになるようにのせていきます。この台には小さな穴がたくさん開いていて、温度や湿度を調整した空気が送り込まれています。室内は麹菌を繁殖させるため、人間にはかなり蒸し暑く感じる環境になっています。

砕いた小麦が水分を含んだ大豆を包み、さらに麹菌がこれを覆います。麹菌が増えるとしょうゆ麹の温度は高くなっていきます。そこで、時々しょうゆ麹の塊をほぐして熱くなり過ぎることを防ぎ、麹菌の生育に適切な温度を保ちます。
約3日間でしょうゆ麹ができあがります。

しょうゆ麹に食塩水を加えて「もろみ」にすると麹菌の繁殖が止まり、麹菌のつくり出した酵素が働き始めます。

「もろみ」をタンクに入れて1週間ほどたつと、酵素の働きで大豆のたんぱく質はアミノ酸に、小麦のでんぷんはぶどう糖に変化していきます。これらのアミノ酸、ぶどう糖によって乳酸菌・酵母の働きが活発になります。
また、アミノ酸とぶどう糖の一部が結びついてしょうゆの「色」をつくり出します。
最初に乳酸菌が活動を始め、後を追うように酵母が働き出し、1～2カ月たつと、「もろみ」は泡立ち赤みを帯びていきます。こうして「もろみ」は、タンクの中でゆっくりと発酵・熟成していきます。

タンク内で「もろみ」を発酵させて数カ月たつと「熟成期」に入ります。活発だった微生物の働きはほとんどなくなり、「もろみ」全体が調和のとれた状態に仕上がっていきます。

「もろみ」を搾る工程では、まず熟成した「もろみ」を、3つに折った長い布に連続して詰めるところから始まります。「もろみ」を包んだ布を積み重ねると、最初は「もろみ」自体の重さでしょうゆがにじみ出てきます。

その後、積み重ねた「もろみ」にプレス機で圧力をかけて、ゆっくりとしょうゆを搾ります。

「もろみ」から搾られたままのしょうゆを「生揚げ（きあげ）しょうゆ」といいます。生揚げしょうゆは、数日間タンクの中で静かに休ませます。この間に、表面の油や底に沈んだおりを分離させます。この工程を「清澄（せいちょう）」といいます。